Il Museo Archeologico di Lefkada è aperto dal 1999 e si trova nell'edificio del centro culturale della Città di Lefkada. Le sue quattro stanze ospitano reperti che vanno dal Paleolitico fino ai Romani. Nella prima stanza sono esibiti oggetti appartenenti alla vita pubblica e privata degli antichi abitanti di Lefkada. L'esposizione è organizzata in quattro moduli: la casa, la preparazione e il consumo di semplici pasti nell'antica Grecia, il conio delle monete e la pesca. Qui sono esposti anche ritrovamenti collegati alla musica, come il gruppo di Ninfe risalente al sesto secolo b.C., al commercio, e stoffe provenienti dal periodo Classico ed Ellenistico.
Nella seconda stanza ci sono ritrovamenti dal periodo Geometrico, come asce doppie, e dal periodo Classico, come il cimiero bronzeo in miniatura risalente al sesto secolo b.C. Questa stanza è dedicata alle divinità di Lefkada. Nella terza sala ci sono mostre dedicate alle usanze mortuarie dell'isola, come urne, colonne sepolcrali e reperti provenienti dai due antichi cimiteri dell'isola. Nella quarta sala ci sono attrezzi risalenti al Paleolitico, gioielli dall'età del bronzo e altro ancora. Questa stanza è dedicata all'archeologo William Dorpfeld, che ha portato alla luce la maggior parte di questi oggetti nel corso degli scavi che ha eseguito sull'isola. E' sepolto a Lefkada, e ci sono monumenti in suo onore anche in altre località dell'isola.
Il museo ecclesiastico è collocato nel Convento di Faneromeni, a quattro chilometri dalla città di Lefkada. Qui si trovano opere d'arte provenienti da altri conventi, monasteri e chiese che vanno dal periodo dell'occupazione turca fino al 1864, quando Lefkada venne riunita con il resto della Grecia.
In questo museo trovano posto rari dipinti dei rinomati artisti eptanesi, preziosi manoscritti ecclesiastici e antiche stampe. Stupendi oggetti in argento come croci, calici, vassoi e cornici di icone sono alcune delle opere che potrete ammirare in questo museo. Il museo vanta una collezione di canoniche e tessuti, alcuni dei quali risalenti a 300 anni fa.
Oltre a questi due musei principali, ci sono anche due musei privati più piccoli: il museo del ricamo e il museo del fonografo. Il museo del ricamo ospita una collezione di ricami tradizionali locali. Nel museo del fonografo si ossono provare collezioni private come modelli di vecchi fonografi, grammofoni e radio. Gli amanti del vintage troveranno in questo museo molti giornali antichi, vecchie cartoline, monete e gioielleria risalente agli anni 1880-1950.